دین در دولت هخامنشیان مانند کلیه دولتهای باستانی شرقی، نقش مهمی را ایفا میکرد. ضمن آنکه دولت هخامنشیان که ملت های مختلفی با آداب و سنن و عادات گوناگون جزو آن در آمده بودند، از لحاظ فرهنگی و اقتصادی پایه چندان محکمی نداشت و بنابراین امکان وجود یک سیستم مذهبی روشن در چنین شرایطی دشوار بود. در ایالتهای مختلف عقاید مذهبی بطور متعدد جلوه گر میشد که با آداب و عقاید موروثی هر کشوری ارتباط داشت.
وضع دشوار سیاسی دولت و قبایل مختلفی که تحت تسلط وی بودند و هم چنین وسعت اراضی کشور و اختلاف شرایط محلی، در انتخاب روش سیاست مذهبی هخامنشیان تاثیر فراوان داشت. پیروان مذهب قدیم ایران، یعنی مذهب اهورمزردا همان هخامنشیان اولیه، در بابل و فلسطین و مصر و آسیای صغیر، سنن و مذاهب محلی را پذیرفته و از آن پشتیبانی می کردند. فعالیت های کورش، کمبوجیه (پیش از بروز شورش در مصر) و همچنین داریوش اول شاهد صادق این مطالب است.
... خشایارشای اول از ترس بروز تجزیه کشورهای تحت استیلای خود در تضعیف مذاهب محلی اقدام و مذهب اهورمزدا آرتا را جانشین مذاهب مذکور ساخت. در این مذهب پاکی و بی گناهی اهمیت فوق العاده ای داشت. البته این موضوع به تاسیس عقیده یکتا پرستی که هنوز در آن مرحله از پیشرفت جامعه امکان پذیر نبود دلالت نداشت و هم چنین بر امحای کامل سایر خدایان معابد ایران نیز حکایت نمی کرد.
در این رابطه داریوش اول که پیوسته به اهورمزدا متوسل می شد و او را به اسم می نامید و دروغ را مخالف و مباین عقیده حقیقی خود به اهورمزدا می دانست، با همه این اوصاف از خدایان دیگر نیز یاد می کرد. اردشیر دوم در تمام قلمرو سلطنت خود موازی مذهب اهورمزدا، مذهب خدایان آناهیتا و میترا را نیز بوجود آورد. بطوری که از آناهیتا و میترا در کتیبه اردشیر سوم هم نام برده شده است.
مذاهب محلی و قدیم نیز به همان وضع وجود داشتند و به کار خود ادامه می دادند. به این ترتیب در دوره هخامنشیان با وجود یک مذهب رسمی و یک - وگاهی چند - خدای اصلی، که به وسیله روحانیون مغ ها حمایت می شد و بر اساس عقاید باستانی ایران پایه گذاری گردیده بود، عقاید مختلف دیگری هم وجود داشت.
اما پس از گذشت زمان مذهب رسمی بطور قطع به شکل یک دین در آمد که در تاریخ به نام "آیین زردشت" معروف است.